Postdoktoralt stipendium (2 år) inom Bioinformatik, Umeå universitet

Institutionen för medicinsk och translationell biologi erbjuder ett postdoktoralt stipendium inom bioinformatik inom projektet ”Transposable elements and the aging human brain: Functional Insights and therapeutic opportunities”. Stipendiet är på heltid i två år med tillträde i oktober 2026 eller enligt överenskommelse.

Är du intresserad av att veta mer om vad det innebär att vara stipendiat kan du läsa mer här: Postdoktorala stipendier.

Forskningen kommer att bedrivas i Horváth-laboratoriet vid Institutionen för medicinsk och translationell biologi, som erbjuder en internationell, dynamisk och stimulerande tvärvetenskaplig forskningsmiljö. Besök gärna laboratoriets webbplats för mer information: https://horvathlab.com.

Horváth-laboratoriet är en del av Wallenberg Centre for Molecular Medicine (WCMM) vid Umeå universitet, ett nationellt initiativ finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse för att stärka molekylär livsvetenskaplig forskning i Sverige. WCMM vid Umeå universitet bedriver forskningsprogram inom neurovetenskap, cancer, infektionsbiologi och metabola sjukdomar. WCMM bygger på starka samarbeten mellan grundforskare och kliniker och har ett nära samarbete med Region Västerbotten samt andra WCMM-center i Lund, Linköping, Göteborg och SciLifeLab. Som forskargrupp finansierad av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse är Horváth-laboratoriet även en del av nätverket Program for Academic Leaders in Life Science. Postdoktoranden kommer att bli en del av denna internationella, samarbetsinriktade och stimulerande forskningsmiljö.

Projektbeskrivning

Åldrande i den mänskliga hjärnan är en av de främsta riskfaktorerna för utveckling av neurodegenerativa sjukdomar, och därför är det mycket relevant att förstå de molekylära mekanismerna bakom ett hälsosamt hjärnans åldrande. Vår forskargrupp studerar denna fråga ur ett nytt perspektiv genom att undersöka rollen av transposabla element (TE) i denna process. TE utgör cirka 50 % av det mänskliga genomet och är starka regulatorer av genuttryck. För att undvika deras potentiellt skadliga effekter är de i vuxna vävnader tystade genom epigenetiska mekanismer såsom DNA-metylering. Dr. Horváths tidigare forskning har identifierat flera mekanismer genom vilka TE reglerar genuttryck i den mänskliga hjärnan, bland annat genom interaktion med epigenetiska repressorer såsom DNA-metylering. Våra preliminära data visar dessutom betydande förändringar i denna epigenetiska repression under åldrandet, vilket ligger till grund för en av forskargruppens centrala frågeställningar: Hur påverkar åldersrelaterade förändringar i epigenetisk repression TE:s funktion i den åldrande hjärnan?

I detta projekt kommer vi att undersöka denna fråga genom att fokusera på hjärnans vita substans, som påverkas kraftigt under åldrandet, och dess huvudsakliga celltyp, oligodendrocyter. Med hjälp av postmortala humana hjärnprover kommer vi att generera ett integrerat multi-omikdataset för att karakterisera förändringar i DNA-metylering, kromatinreglering samt TE- och genuttryck under åldrandet. För att uppnå detta kommer vi att kombinera storskaliga kompletterande bulk- och single-cell-metoder, inklusive 10x Genomics single-nuclei RNA-sekvensering, Oxford Nanopore long-read DNA- och RNA-sekvensering, Illumina RNA-sekvensering samt CUT&RUN-profilering. Dessa dataset kommer därefter att integreras med avancerade TE-anpassade bioinformatiska metoder för att ge en omfattande bild av åldersrelaterade molekylära förändringar i oligodendrocyter.

Postdoktoranden kommer att få möjlighet att:

Analysera och integrera data genererade med hjälp av en rad moderna sekvenseringsteknologier. Utveckla expertis inom multi-omikdataanalys med fokus på transposabla element. Fördjupa sina teoretiska kunskaper inom neurovetenskap, epigenetik, genomreglering, transposabla element och beräkningsbiologi. Aktivt delta i laboratoriemöten, journal clubs, seminarier och tvärvetenskapliga vetenskapliga diskussioner. Delta i nationella och internationella konferenser, workshops och specialiserade utbildningar för att bredda sin vetenskapliga kompetens och sitt professionella nätverk. Utveckla överförbara färdigheter inom vetenskapligt skrivande, projektledning, forskningsledning, kommunikation och samarbete.

Vårt erbjudande

I vårt laboratorium strävar vi efter vetenskaplig excellens samtidigt som vi främjar en kultur präglad av nyfikenhet, samarbete och inkludering. Detta innebär att kommunicera effektivt över olika bakgrunder och perspektiv, bidra till ett gott samarbetsklimat och ha förmåga att arbeta väl tillsammans med andra. Vi värdesätter och stöttar kollegor med olika erfarenheter och perspektiv samt främjar en hållbar balans mellan arbete och privatliv. Som postdoktor i vårt team får du nära handledning och möjlighet att utveckla egna innovativa idéer.

Våra lokala och internationella samarbeten ger möjlighet att utöka ditt professionella nätverk. Dessutom erbjuder Umeå Postdoc Society (https://umeapostdocs.com) en plattform för kompetensutveckling genom workshops och kurser samt möjligheter till sociala kontakter genom nätverksträffar och sociala aktiviteter.

Kvalifikationer
För att kvalificera sig som innehavare av ett postdoktoralt stipendium krävs att den sökande har avlagt doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen. Detta behörighetskrav måste vara uppfyllt senast vid tidpunkten för beslut om stipendiat.

Prioritet ska ges till kandidater som har avlagt doktorsexamen, enligt ovan angivna krav, högst tre år före sista ansökningsdag. Om särskilda skäl föreligger kan även kandidater som har avlagt doktorsexamen tidigare komma i fråga. Med särskilda skäl avses exempelvis frånvaro på grund av sjukdom, föräldraledighet, fackliga förtroendeuppdrag, militärtjänstgöring eller liknande omständigheter, samt klinisk tjänstgöring eller andra former av anställning/uppdrag som är relevanta för ämnesområdet.

Doktorsexamen ska vara inom bioinformatik, datavetenskap, neurovetenskap, genomik, molekylärbiologi, biomedicin, genetik eller ett närliggande område.

För detta projekt söker vi kandidater med följande kompetens:

Dokumenterad erfarenhet av analys av genomik-, epigenomik- och/eller transkriptomikdata med hjälp av R, Python och shell. Erfarenhet av bearbetning och analys av storskaliga sekvenseringsdata med hjälp av bioinformatiska verktyg och paket såsom edgeR, DESeq2, bedtools samt relaterad mjukvara för genomikdataanalys. Erfarenhet av att integrera komplexa omikdata och att omsätta bioinformatiska resultat till biologiska insikter. Dokumenterad vetenskaplig produktivitet genom publikationer i internationella vetenskapliga tidskrifter med sakkunniggranskning eller i form av preprints.

Följande kompetenser är meriterande:

Erfarenhet av att använda superdatorplattformar. Internationell forskningserfarenhet. Erfarenhet av analys av single-cell- och long-read-data. Erfarenhet av forskning inom epigenetik och/eller transposabla element. Erfarenhet av genomassemblage eller genomorganisation.

Eftersom projektet innebär samarbete med andra medlemmar i forskargruppen och externa samarbetspartners krävs mycket god kommunikativ förmåga i engelska, både muntligt och skriftligt. Vi söker mycket motiverade och välorganiserade kandidater som är nyfikna, drivna och trivs med att arbeta i ett tvärvetenskapligt team. Kandidaterna bör visa initiativförmåga, ha god problemlösningsförmåga och kunna organisera och driva sitt projekt framåt på ett självständigt sätt.

Ansökan

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska och bifogade dokument ska vara i Word- eller PDF-format. Ansökan ska registreras via Umeå universitets e-rekryteringssystem Varbi och skickas in senast 2026-09-11.

En komplett ansökan ska innehålla:

Personligt brev där du tydligt beskriver din forskningserfarenhet, motivation och hur din kompetens matchar projektets krav. Curriculum Vitae (CV, max 2 sidor) samt publikationslista (max 5 sidor). Verifierad kopia av doktorsexamen eller dokumentation som anger när doktorsexamen förväntas vara avlagd. Kopia av doktorsavhandling om sådan finns tillgänglig. Kontaktuppgifter till två referenspersoner.

Ytterligare information

För mer information, besök https://horvathlab.com, Wallenberg Centre for Molecular Medicine, Institutionen för medicinsk och translationell biologi.

Vid frågor, kontakta Vivien Horváth, [email protected].

Vi ser fram emot att ta emot din ansökan!